通常都是用的水冷的方式使得溫度降低，利用鍋爐的余熱使得附著的水分得以蒸發，但一定要掌握好度，因為冷卻過度之后，水分就不易蒸發掉了，容易引起銹蝕或微生物的再次污染。

     在整個冷卻過程中，冷卻水由抽水泵從緩沖水箱內灌入滅菌鍋爐內部，冷卻水進口有底部二支噴水管，各噴水管有三排噴水孔，可保證冷卻水能充分均勻地射向滅菌鍋爐內。

     由于鍋爐的頂部設有溢水閥，所以當冷卻水滿水后將持續溢流；在鍋爐的側面還有玻璃管水位計，用以指示鍋內水位，并經由水位操控器進行主動冷卻操作，冷卻結束后由排水閥排水。

     從滅菌鍋爐中排出的冷卻水會先被排到車間外的地下水池中，地下水池做間隔，一半水池使滅菌鍋排出的冷卻水先天然沉積，經過沉積及濾網過濾后進入另一半水池，然后經過離心泵將操控余氯值0.5PPM以上的冷卻水打到房頂冷卻塔中。

     隨后經過冷卻塔的降溫后，流入冷卻塔的緩沖水箱中，滅菌鍋爐在作業過程中需要加灌冷卻水的時候，就可以由冷卻塔緩沖水箱內的水直接供應，實現了鍋爐冷卻水的閉式循環，減少不必要的損失。